条文
第252条の17の3（条例による事務処理の特例の効果）
第3項
第一項の規定により市町村に適用があるものとされる法令の規定により市町村が国の行政機関と行うものとなる協議は、都道府県知事を通じて行うものとし、当該法令の規定により国の行政機関が市町村に対して行うものとなる許認可等に係る申請等は、都道府県知事を経由して行うものとする。
ざっくり口語訳（第3項）
条例で知事の事務を市町村が処理するとき、国の行政機関との協議や、国の許認可などの申請は、都道府県知事を通して行うこととされています。
都道府県知事の権限にある事務の一部を市町村が処理するときに市町村にあてはまるとされる法令の規定（第1項）によって、市町村が国の行政機関と行うことになる協議は、都道府県知事を通じて行うこととされています。
その法令の規定によって、国の行政機関が市町村に対して行うことになる許認可などについての申請などは、都道府県知事を経由して行うこととされています。